Recebem o nome do diácono São Calisto, que no início do século III foi colocado pelo papa Zeferino como administrador do cemitério e assim as catacumbas de São Calisto tornaram-se o cemitério oficial da Igreja de Roma.
São visíveis externamente duas pequenas basílicas com três absides, chamadas de "Tricoras". Naquela oriental foram provavelmente sepultados o papa São Zeferino e o jovem mártir da Eucaristia, São Tarcísio.
O cemitério subterrâneo consta de diversas áreas. As criptas de Lucina e a região chamada dos Papas e de Santa Cecília constituem os núcleos mais antigos (séc. 2º). As outras regiões chamadas de São Milcíades (metade do séc. 3º), de São Caio e de Santo Eusébio (fins do séc. 3º), Ocidental (primeira metade do séc. 4º) e Liberiana (segundo metade do séc. 4º), com muitas criptas importantes.