Cripta do papa Caio
A cripta ocupa um lugar especial nas Catacumbas de São Calisto pelas suas proporções realmente excepcionais. Podia conter mais de sessenta pessoas. Foi projetada desde as origens assim tão vasta para favorecer as reuniões comunitárias. Através de uma ampla clarabóia, situada na galeria, garantiam-se à cripta luz e ar suficientes. A decoração é muito sóbria; as paredes foram revestidas de uma simples camada de estuque branco.

Encontram-se nas paredes laterais muitos lóculos, mas só três na parede de fundo. O lóculo mediano, de consideráveis proporções, é a sepultura principal e mais importante de toda a cripta. Conservam-se nela os fragmentos da inscrição grega do Papa Caio:

Cripta de Santo Eusébio
Encontra-se na frente da de São Caio. É de forma retangular, mas não excessivamente espaçosa. As paredes e o pavimento eram revestidos de mármore. A clarabóia é moderna; a original abria-se no forro da galeria.

A cripta contém três arcossólios. No arcossólio da parede direita localizava-se a sepultura de S. Eusébio. O interior era revestido de mármore, com o arco decorado com mosaico. Encontra-se nele uma grande placa marmórea moderna onde está gravado o poema composto pelo Papa Dâmaso em honra de Santo Eusébio. No centro da sala sepulcral está colocada um tosca cópia do poema, feita gravar pelo papa Vigílio (537-559) depois da devastação gótica. Na parte posterior a placa contém uma dedicação em honra de Caracala.

A inscrição do Papa Dâmaso recorda a bondade e a misericórdia do pontífice pelos lapsos, apóstatas do Cristianismo, isto é, daqueles que tinham renegado a fé por medo das perseguições. Oposta ao pontífice era a posição de Eráclio, expoente do clero romano, que não aceitava o arrependimento deles. O Papa sustentava que, a exemplo de Cristo, que sempre tinha perdoado, era preciso ser compreensivos e perdoar os apóstatas, depois de um período de adequada penitência.
A controvérsia, já debatida no pontificado do Papa São Cornélio (251-253), causou vivazes contrastes, sobretudo na segunda metade do séc. 3º e início do 4º, provocando desordens. O imperador Maxêncio, por causa dos contrastes entre as duas facções religiosas mandou afastar de Roma os seus expoentes. Eusébio foi enviado em exílio à Sicília, onde morreu algum tempo depois devido às privações. A Igreja considerou-o logo mártir. O seu sucessor S. Milcíades fez trazer o seu corpo a Roma e o depôs nesta cripta que dele recebeu o nome.

O poema traz a dedicação "Dâmaso bispo fez (a inscrição) a Eusébio, bispo e mártir". Eis o texto do poema:

Cubículo das Ovelhinhas
A sepultura do fundo é constituída por um nicho para sarcófago, com um arco sobre ele . O arco e a luneta contêm uma pintura do séc. 4º, danificada pela abertura de um lóculo. No centro do arcossólio está a imagem do Bom Pastor com a ovelhinha nos ombros, rodeado por um rebanho (um carneiro e cinco ovelhas). A cena representa Cristo Bom Pastor que leva o defunto às fileiras dos bem-aventurados. Aos lados, dois homens de túnica e pálio, apressam-se em beber de duas fontes que brotam da rocha: são dois bem-aventurados que recobram as forças nas fontes de água viva que é Cristo.
Na parede esquerda do nicho encontra-se uma cena eucarística que pode ser definida como única na pintura, embora freqüente nos sarcófagos. Jesus impõe as mãos sobre um cesto de pães e alguns peixes que lhe são apresentados por dois Apóstolos. Por terra, seis cestos de pães com cruz em cima. A pintura foi em seguida danificada pela abertura de um pequeno nicho para lamparinas. Na parede direita do arcossólio está representado Moisés que tira as sandálias. Ao lado aparece Pedro no ato de bater sobre a rocha para fazer brotar água. Um soldado com a lâmpada ao lado, aproxima-se da fonte e bebe água com as duas mãos. Moisés é o símbolo da antiga Lei, Pedro da nova. A água da rocha é símbolo da água batismal; o soldado vestido como militar romano representa os primeiros pagãos convertidos por Pedro.