Galleria - Area A © Pontificia Commissione di Archeologia Sacra

Im ersten Jahrhundert hatten die Christen Roms keine eigenen Friedhöfe. Falls sie Grundbesitz hatten, beerdigten sie ihre Verstorbenen dort, sonst benutzten sie die allgemeinen Friedhöfe, welche auch von den Heiden gebraucht wurden. So wurde der hl. Petrus in der für alle zugänglichen Nekropole ("Totenstadt") auf dem Vatikanischen Hügel beigesetzt; der hl. Paulus fand seine Ruhestätte wohl in einer Nekropole an der Via Ostiense.

In der ersten Hälfte des 2. Jhdts. begannen die Christen nach einigen Landschenkungen ihre Verstorbenen unterirdisch beizusetzen - die Katakomben entstanden. Viele von ihnen entstanden und entwickelten sich um Familiengrabstätten von Neubekehrten, welche diese nicht nur für die eigene Familie, sondern auch für die Brüder und Schwestern im Glauben bereitstellten. Im Lauf der Zeit weiteten sich diese Beerdigungsstätten aus, oft auf Initiative der Kirche hin. Ein typisches Beispiel dafür sind die Katakomben des hl. Kallixtus: die Kirche übernahm ihre direkte Organisation und Verwaltung als Gemeindefriedhof.

Nach dem Mailänder Edikt der Kaiser Konstantin und Licinius vom Februar 313 wurden die Christen nicht mehr verfolgt. Sie konnten frei ihren Glauben bekennen, Kultstätten und Kirchen innerhalb und außerhalb der Stadtmauern errichten und ohne Beschlagnahmungsgefahr Grundstücke erwerben. Trotzdem dienten die Katakomben zunächst weiterhin als reguläre Friedhöfe, bis zu Beginn des 5. Jhdts. die Kirche dazu überging, ausschließlich oberirdisch oder in den bedeutenden Martyrern geweihten Basiliken zu beerdigen.

Als ab dem 5. Jhdt. verschiedene "Barbarenstämme" (z.B. Ostgoten, Langobarden) in Italien einfielen und bis nach Rom gelangten, zerstörten sie dort systematisch viele Monumente und plünderten viele Orte einschließlich der Katakomben. Hilflos gegenüber solchen wiederholten Verwüstungen ließen die Päpste gegen Ende 8. und Anfang 9. Jhdt. die Reliquien der Martyrer und Heiligen aus Sicherheitsgründen in Kirchen innerhalb der Stadt übertragen.

Nach Abschluß der Reliquienübertragungen wurden die Katakomben nicht mehr besucht und gerieten total in Vergessenheit, mit Ausnahme derer des hl. Sebastian, des hl. Laurentius und des hl. Pankratius. Im Laufe der Zeit zerstörten und verbargen Erdrutsche und die Vegetation die Eingänge zu den anderen Katakomben, bis von ihnen keine Spur mehr zu finden war. Das späte Mittelalter wußte nicht einmal mehr, wo sie überhaupt gewesen waren.

Erforschung und wissenschaftliche Untersuchung der Katakomben begannen Jahrhunderte später mit Antonio Bosio (1575 - 1629), genannt der "Kolumbus des unterirdischen Rom". Im vergangenen Jahrhundert wurde die systematische Erforschung der Katakomben, besonders der des hl. Kallixtus, von Giovanni Battista de Rossi (1822 - 1894) vorgenommen, der als Begründer und Vater der Christlichen Archäologie betrachtet wird.