Katakombe čini splet podzemnih hodnika koji podsjećaju na prave labirinte, a njihova ukupna dužina računa se u kilometrima. Na sadrastim zidovima tog zamršenog sistema hodnika iskopane su u nizu pravokutne niše različitih veličina, nazvane lokuli, u koje je stalo samo jedno tijelo, ali nisu bile rijetke i one u kojima su se nalazila tijela dviju pa i više osoba.
Pokapanje prvih kršćana bilo je krajnje jednostavno i skromno. Po Kristovom primjeru, kršćani su bili obavijeni u pokrivač ili laneno platno, bez lijesa. Lokuli (= zidni grobovi) su tada zatvarani mramornim pločama, ili, najvećim dijelom, mortom pričvršćenim crijepovima. Katkada je na ploči bivalo napisano ime pokojnika, a uz to neki kršćanski znak ili želje za mir na nebu. Često su uz grobove bile postavljane male uljane svjetiljke ili posudice s mirisima.
Zbog njihova smještaja u redovima jedan iznad drugoga, grobovi su podsjećali na veliku spavaonicu nazvanu cymiterium - izrazom grčkoga podrijetla, a koje znači mjesto odmora. Na taj su način kršćani htjeli potvrditi svoju vjeru u uskrsnuće tijela. Osim lokula bilo je i drugih vrsta grobova: arkosolij, sarkofag, forma, kubikul i kripta.
Arkosolij, tipični grob iz trećega i četvrtog stoljeća, sastoji se od mnogo veće udubine u zidu iznad koje se nadvisuje luk. Mramorna je ploča bila postavljena vodoravno. Arkosolij je obično služio kao grobnica za jednu cijelu obitelj.
Sarkofag je kameni ili mramorni sanduk, obično urešen likovima u reljefu ili natpisima.
Forma je grob iskopan u podu kripte, kubikula ili hodnika. U velikom se broju nalaze blizu grobova mučenikâ.
Kubikuli (izraz znači sobe), bili su male sobice, prave obiteljske grobnice sa zapreminom od nekoliko lokula. Korištenje obiteljske grobnice nije bila prednost namijenjena bogatima. Kubikuli i arkosoliji bili su često ukrašeni freskama sa scenama iz Biblije, a koje su prikazivale teme Krštenja, Euharistije i Uskrsnuća, prikazane u nizu scenâ iz Jonina života.
Kripta je veća prostorija. U vrijeme pape
sv. Damaza mnogi grobovi mučenika bili su pretvoreni u kripte, odnosno
u male podzemne crkve, uljepšane slikama, mozaicima i drugim ukrasima.
Katakombe je isključivo radila specijalizirana udruga
radnika koje su nazivali fossori (rovači). Kopali bi hodnik za hodnikom
pod slabim svjetlom svojih svjetiljki, a za prijevoz zemlje na površinu koristili
su košare ili vreće koje su provlačili kroz otvore za svjetlo (lucernarije)
otvorene na svodu krova kripte, kubikula ili duž podzemnih hodnikâ. Lucernariji
su bili velika oknâ koja su izbijala na površinu. Kada bi iskapanje bilo završeno,
lucernariji bi ostajali otvoreni za zrak i za svjetlo, kao kanali za ozračivanje
i sredstva za osvjetljavanje.
Stari kršćani nisu koristili izraz katakomba. Riječ je grčkoga podrijetla, a znači šupljina, korito. Rimljani su tako zvali jedno mjesto u ulici Appia, na kojem su se nalazile šupljine nastale zbog odnošenja blokova sedre. U blizini su bile iskopane katakombe sv. Sebastijana. U IX. stoljeću izraz se proširio na sva groblja, ali posebno se odnosio na podzemna groblja.