In origine esse furono solo luoghi di sepoltura. Qui i cristiani si radunavano per celebrare i riti funebri, gli anniversari dei martiri e dei defunti.
Durante le persecuzioni, in casi eccezionali, servirono come luoghi di rifugio momentaneo per la celebrazione dell'Eucarestia. Non furono usate come nascondigli segreti dei cristiani; questa è una pura leggenda, una finzione proposta da romanzi e film.
Terminate le persecuzioni, soprattutto al tempo del papa San Damaso I (366 - 384), le catacombe divennero veri e propri santuari dei martiri, centri di devozione e di pellegrinaggio di cristiani da ogni parte dell'impero romano.
A quel tempo anche a Roma esistevano cimiteri all'aperto, ma i cristiani, per diversi motivi, preferirono i cimiteri sotterranei. Prima di tutto i cristiani rifiutavano l'usanza pagana della cremazione del corpi. Sull'esempio della sepoltura di Cristo, essi preferivano l'inumazione, per un senso di rispetto verso il corpo destinato un giorno alla risurrezione dai morti.
Questo vivo sentimento dei cristiani creò il problema dello spazio, problema che influì grandemente sullo sviluppo delle catacombe. Se essi avessero utilizzato soltanto cimitero all'aperto, dal momento che i cristiani normalmente non riutilizzavano le tombe, lo spazio disponibile si sarebbe ben presto esaurito. Le catacombe risolsero il problema in forma economica, pratica e sicura. Siccome i primi cristiani erano in maggioranza poveri, questa forma di sepoltura fu decisiva.
Ci furono pure altri motivi che portarono alla scelta dello scavo sotterraneo. Era vivissimo nei cristiani il senso della comunità: essi desideravano trovarsi assieme anche nel "sonno della morte". Inoltre questi luoghi appartati, in particolare durante le persecuzioni, permettevano raduni comunitari riservati e discreti e consentivano il libero uso dei simboli cristiani.
In conformità alla legge romana, che proibiva la sepoltura dei defunti entro le mura della città, tutte le catacombe sono situate lungo le grandi vie consolari e, generalmente, nella immediata area suburbana di quel tempo.