La Cripta dei Papi © Pontificia Commissione di Archeologia Sacra

Ze is de voornaamste en meest vereerde crypte van de catacomben, ook "Klein Vatikaan" genoemd, omdat ze de officiele begraafplaats was van 9 pausen en waarschijnlijk van 8 dignitarissen van de Romeinse kerk. In de wanden kunnen we nog de oorspronkelijke Griekse opschriften lezen van 5 pausen. Op 4 van deze grafstenen staat de naam "Bisschop". Bisschop in Rome wil ook zeggen hoofd van de kerk,paus. Op twee grafstenen staat de Griekse afkorting MPT voor "Martelaar".

Hier de namen van de 5 pausen : Pontianus, Antherus, Fabianus, Lucius en Eutichianus. Aan de voorzijde van de crypte lag het graf van paus Sixtus II, martelaar onder de vervolging van keizer Valerius.

Het gedicht van paus Damasus.
Vóór diens graf plaatste paus Damasus (vierde eeuw) een marmeren gedenkplaat met een Latijns gedicht als heilige herinnering aan al de martelaren en christenen, begraven in deze catacomben.