De catacomben bestonden uit ondergrondse gangen in de vorm van een labyrinth. Ze besloegen in totaal veschillende kilometers. In de tufsteen muren van dit netwerk van gangen werden rijen rechthoekige nissen uitgegraven, "loculus", geheten, van verschillende grootte, die één of vaak zelfs meerdere lichamen konden bevatten.

Begravingen bij de eerste christenen waren zeer eenvoudig en arm. In navolging van Christus werden de lichamen in een lijkwade gewikkeld en in de graven gelegd zonder kist. De graven werden gesloten met een grafplaat uit marmer, of in de meeste gevallen, met tegels die met mortel bevestigd werden. Op de grafsteen werd soms de naam van de dode ingegrift, samen met een christelijk symbool of een wens dat de persoon vrede mocht vinden in de hemel. Olielampjes en kleine vaasjes met reukwerk werden vaak langs de graven geplaatst.

Door hun structuur van rijen boven elkaar gaven de graven het idee van een uitgestrekt dormitorium, koimeterion geheten, een term van Griekse oorsprong die rustplaats betekent. Op deze manier wilden de christenen hun geloof in de verrijzenis beklemtonen. Naast de loculus waren er andere types van graven : het arcosolium, de sarcofaag, het vloergraf, het cubiculum en de crypte.

Het arcosolium is een typisch graf uit de derde en vierde eeuw: een grote nis met een boog erboven. De marmeren plaat werd horizontaal geplaatst. In het algemeen diende het arcosolium als graf voor een gezin.

De sarcofaag is een lijkkist in steen of marmer, meestal versierd met gegraveerde opsehriften of reliëfs

Het vloergraf (forma) is een graf dat werd uitgegraven in de vloer van een crypte, een cubiculum of in een gang. Deze graven worden in groot aantal aangetroffen in de nabijheid van graven van martelaren.

Het cubiculum , de term betekent "slaapkamer", was een kleine kamer, een familiegraf dat meerdere loculi kon bevatten. Het gebruik van familiegraven was niet voorbehouden aan de rijken. Cubicula en arcosolia werden vaak versierd met fresco's van scènes uit de bijbel of van voorstellingen van het doopsel, de eucharistie en de verrijzenis, gesymbolizeerd door het verhaal van Jonas.

De crypte is een grotere kamer. In de tijd van paus Damasus werden vele graven van martelaren omgevormd tot cryptes, dit wil zeggen tot kleine ondergrondse kerkjes, versierd met schilderingen, mozaïeken of andere decoraties.

Het uitgraven van de catacomben was het exclusieve werk van gespecializeerde werkers die "fossores" genoemd werden. Zij groeven de ene gang na de andere bij het flauwe licht van hun lampjes. Om de aarde naar de oppervlakte te transporteren gebruikten zij korven of zakken die zij door de lucernaria naar omlaag lieten. In het plafond van de crypten, cubicula of langs de gangen werden lucernaria geopend, grote putten die tot aan de oppervlakte reikten. Wanneer de arbeid van het uitgraven voltooid was, bleven zij open om licht en lucht binnen te laten, als ventilatie kanalen of middelen tot verlichting.

De eerste christenen maakten geen gebruik van de term catacomben. Dit woord is van Griekse oorsprong en betekent "zonk". De Romeinen gebruikten deze term om een plaats aan te geven langs de Via Appia waar zich grotten bevonden voor het winnen van blokken tufsteen. In de nabijheid waren de catacomben van Sebastianus uitgegraven. In de negende eeuw werd de term catacomben veralgemeend tot alle onderaardse begraafplaatsen.