Voortgaande, langs de galerij verder dan de uitgangstrap, ontmoet men dadelijk twee belangrijke historische crypten: rechts de crypte van paus Gaius en links die van paus en martelaarEusebius.

De crypte van St.Gaius
De crypte neemt in de catacomben van Sint-Callixtus een speciale plaats in om zijn werkelijk uitzonderlijke afmetingen. Er kunnen meer dan zestig personen in. Vanaf het begin werd ze zo ruim ontworpen om gemeenschappelijke samenkomsten te bevorderen. Door middel van de brede lichtkoker die in de galerij geplaatst is, zijn er licht en voldoende verluchting voorzíen. De versiering is heel sober; de wanden werden bekleed met een laag van wit pleisterwerk.

In de zijwanden bevinden zich veel kleine graven, maar slechts drie in de achterwand. De holte in het midden, van aanzienlijke proporties, is de voornaamste en belangrijkste graftombe van heel de crypte. Daarop worden fragmenten bewaard van de Griekse inscriptie van paus Gaius:

De crypte van Paus Eusebius
Ze bevindt zich tegenover deze van St.-Caius. Ze is rechthoekig, maar uitzonderlijk ruim. De wanden en de vloer waren bekleed met marmer. De lichtkoker is herbouwd, de oorspronkelijke mondde uit in het plafond van de galerij.

De crypte bevat drie booggraven. In het booggraf van deze plaats is er 'n moderne kopie van deze van Damasus uit de 4° eeuw. Van deze tekst zijn er enkele stukken in rode kleur terug gevonden en in de vernieuwde tekst ingewerkt.
In het midden van de crypte is er 'n ruwe kopie van deze van Damasus, gegraveerd in de tijd van Paus Virgilius ( 537-559). Hij is gedateerd van na de verwoesting door de Gothen.
Heel de tekst, in stukken samen gesteld, is gegraveerd en bevestigd in 'n marmeren kader die steunt met twee assen op twee kolonnen. Nu vastgelegd. Vroeger kon men hem omkeren om de tekst van de andere zijde te kunnen lezen.
Deze marmeren plaat komt uit de termen van Caracalla, te zien aan de tekst ter zijner ere.

Achter in de crypte was er vroeger het graf van paus Eusebius. De inscriptie van Paus Damasus brengt de goedheid en de barmhartigheid van de paus in herinnering tegenover de gevallenen, m.n. degenen die van het christendom waren afgevallen, ofwel degenen die uit vrees voor de vervolgingen, hun geloof hadden afgezworen. Tegenover de paus had Heraclìus een andere positie ingenomen; hij was een exponent van de Romeinse clerus, die hun berouw niet aanvaardde. De paus steunde erop dat men, naar het voorbeeld van Christus, die steeds vergiffenis had geschonken, vol begrip moest zijn en de afvalligen moest vergeven na een periode van aangepaste boete.

De controverse, die reeds onder het pontificaat van de heilige paus Cornelìus (251-253) beslecht werd, veroorzaakte hevige contrasten vooral in de tweede helft van de derde eeuw en in het begin van de vierde. De keizer Massensius, liet ter oorzake van de geschillen tussen de twee religieuze fracties, hun exponenten uit Rome verwijderen. Eusebius werd in Sicilië in ballingschap gestuurd, waar hij enige tíjd nadien van ontberingen stierf. De Kerk beschouwde hem dadelijk als een echte martelaar. Zijn opvolger St.-Milziade liet zijn lichaam terugbrengen naar Rome en begroef hem in deze crypte die naar hem genoemd werd.
Dit is de tekst van het gedicht van Paus Damasus: "Bischop Damasus maakte (de inscriptie) voor Eusebius, bisschop en martelaar".

De crypte werd reeds gerestaureerd in de eerste eeuwen ter oorzake van de weinig veilige tufsteen. Verder gaande in de centrale gallerij komt men aan in een dubbele crypte, beiden verlicht door 'n zelfde lichtkoker.
Links bevindt zich:

De crypte van de vijf heiligen
Wordt zo genoemd omdat op de achterwand vijf personen staan afgebeeld, biddend in het midden van een tuin, verblijd door de zang van vogels, met planten die bloemen en vruchten dragen: een duidelijk beeld van het paradijs. Boven iedere figuur is de naam vermeld, met daarbij de wens: "In vrede"; "Dionysius in vrede, Nemesius in vrede, Procopius in vrede, Eliodora in vrede, en Zoë in vrede". De fresco's worden gedateerd van het begin van de vierde eeuw. De crypte van rechts is deze van de:

diaken Severus
Op de ter plaatse gevonden tekst vernemen we dat de Diaken Severus de goedkeuring gevraagd had aan Paus Marcellinus (296-304) om deze crypte te graven als begraafplaats voor zich zelf en zijn dochtertje Severa, die hij met liefde herdenkt: " Severa, zacht voor de onders en voor de dienaars, ze gaf als maagd haar ziel terug aan de Heer op 25 Januari. Aan haar wilde de Heer van af haar geboorte wonderbare wijsheid en schoonheid schenken. Ze leefde negen jaar, elf maanden en vijftien dagen. Zo is ze van dit aardse leven overgegaan naar het eeuwige".

De tekst is ook belangrijk vanuit historisch standpunt, omdat ze het eerste epigrafisch document is waarin de bisschop van Rome genoemd wordt met de titel "paus - papa", (vader). Van dan af werd de term gebruikt als synoniem voor de bisschop van Rome. Het woord is niet in zijn geheel geschreven, maar wel met het siglum PP, wat nog altijd door de pausen gebruikt wordt in hun handtekening.
Verder gaande in de centrale gang en draaiend twee maal links komen we in de

De crypte van de Schapen
In de achter grond is er 'n grote ruimte, die bestemd was voor 'n grote sarcogfaag.De achtermuur en zoldering waren uitzonderlijk schoon versierd en nog goed zichtbaar. Het fresco van de goede Herder, met 'n schaap op de schouders is zeer beschadigd door het open maken van 'n grafnis, er achter. Het tafereel stelt Christus de Herder voor die de afgestorvene draagt te midden van de scharen gelukzaligen. Opzij haasten zich twee mannen in tuniek en pallium om te drinken aan de twee bronnen die ontspringen uit de rots: het zijn twee gelukzaligen die zich laven aan de bronnen van het levend water, dat Christus is.
In de linkerwand is er 'n fresco van de broodvermenigvuldiging, echter zeer beschadigd door het graven van 'n kleine ronde nis, om er kaarsen en olielampen te paaatsen, van daar dus de zwartgebrande zoldering. Aan de andere zijde rechts staat Mozes, die zijn sandalen uit doet, als symbool van het oude testament en naast hem Petrus de Leidsman in het nieuwe testament.