Quand les barbares (Goths et Lombards) envahirent l’Italie et descendirent jusqu’à Rome, ils détruisirent systématiquement de nombreux monuments et pillèrent beaucoup de lieux, y compris les catacombes. Impuissants face à ces dévastations répétées, vers la fin du VIIIe siècle et le début du IXe siècle, les Papes firent transférer les reliques des martyrs et des saints dans les églises de la ville, pour des raisons de sécurité.
Une fois terminée la translation des reliques, les Catacombes ne furent plus fréquentées, elles furent même totalement abandonnées, à l’exception de celles de Saint-Sébastien, Saint-Laurent et Saint-Pancrace. Avec le temps, des éboulements et la végétation bouchèrent et cachèrent les entrées des autres catacombes, si bien qu’on en perdit même les traces. Jusqu’à la fin du Moyen-âge on ne savait même plus où elles se trouvaient.
L'exploration et l’étude scientifique des catacombes commencèrent, des siècles plus tard, avec Antonio Bosio (1575-1629), surnommé le "Christophe Colomb de la Rome souterraine". Au cours du XIXe siècle l’exploration systématique des catacombes, et en particulier de celles de Saint-Calixte, fut exécutée par Giovanni Battista de Rossi (1822-1894), qui est considéré comme le fondateur et le père de l’archéologie chrétienne.
En 1930 le Saint-Siège, propriétaire des catacombes, confiera la gestion des Catacombes de Saint-Callixte à la Congrégation des Salésiens de Don Bosco.
Les catacombes de Saint Calixte
Elles sont situées sur la Via Appia Antica, après la petite église du "Quo Vadis?".
Les catacombes de Saint-Calixte sont parmi les plus grandes et les plus importantes de Rome. Elles apparurent vers le milieu du deuxième siècle et font partie d’un complexe funéraire qui s'étend sur 15 hectares, avec un réseau de près de 20 kilomètres de galeries, sur différents niveaux et elles atteignent une profondeur de plus de 20 mètres. Des dizaines de martyrs y ont trouvé une sépulture, ainsi que 16 Papes et de très nombreux chrétiens.
En surface, sont visibles deux petites basiliques avec trois absides. Dans la basilique orientale furent probablement enterrés le pape saint Zéphyrin et le jeune martyr de l’Eucharistie, saint Tarcisius.
Le cimetière souterrain comprend différentes zones. La Crypte des Papes est le lieu le plus sacré et le plus important de ces catacombes, qu’on surnomme "le petit Vatican" parce qu’y furent enterrés 9 papes et, probablement, 8 dignitaires de l’Eglise du IIIe siècle. Le long des parois on trouve des inscriptions originales en grec de 5 Papes. Sur 4 pierres tombales, à côté du nom du souverain pontife on lit le titre d’"évêque", parce que le pape était considéré comme le chef de l’Eglise de Rome, et sur deux pierres tombales il y a aussi l’abréviation grecque de "MPT" (martyr).
La Crypte de Sainte-Cécile, la célèbre patronne de la musique. Originaire d’une noble famille romaine, elle fut martyrisée au troisième siècle. Enterrée là où se trouve à présent sa statue, elle fut vénérée ici pendant au moins cinq siècles. En 821 ses reliques furent transportées à Trastevere dans la basilique qui lui est consacrée.
La Statue de sainte Cécile est une copie de la célèbre œuvre de Maderno, sculptée en 1559. La crypte était totalement décorée de fresques et mosaïques. Sur la paroi proche de la statue l’on trouve une ancienne image de sainte Cécile, en prière, et en dessous dans une petite niche est représenté le Sauveur, qui tient en main l’Evangile ; à côté est peint le Pape martyr saint Urbain. Sur un mur du lucernaire on voit les figures de trois martyres : Polycamus, Sébastien et Quirinus. Ce sont les noyaux les plus anciens (IIe siècle).
En traversant les imposantes galeries emplies de loculi, on arrive à cinq petites pièces, de véritables tombes de famille, appelées cubicula des Sacrements et particulièrement importantes en raison des fresques qu’elles abritent.
Les fresques datent probablement du début du IIIe siècle et représentent symboliquement les sacrements du Baptême et de l’Eucharistie. On y trouve également représenté le prophète Jonas, symbole de résurrection.
Les origines des Catacombes
Au premier siècle, les chrétiens de Rome n’avaient pas de cimetières spécifiques. S’ils possédaient des terrains, ils y enterraient leurs morts, autrement ils avaient recours aux cimetières communs utilisés également par les païens. C’est pour cette raison que saint Pierre fut enseveli dans la "nécropole" ("cité des morts") sur la Colline du Vatican, ouverte à tous; de même que saint Paul fut enterré dans une nécropole sur la Via Ostiense.
Avec l’édit de Milan, promulgué par les empereurs Constantin et Licinius en février 313, les chrétiens ne furent plus persécutés. Ils pouvaient librement professer leur foi, construire des lieux de culte et des églises à l’intérieur et à l’extérieur des murs de la ville, et acheter des lots de terrain sans risque de confiscation. Toutefois les catacombes continuèrent à fonctionner comme cimetières réguliers jusqu’au début du Ve siècle, quand l’Eglise recommença à ensevelir exclusivement en surface ou dans les basiliques consacrées à des martyrs importants.
Au cours de cette longue période de temps (environ 400-800 après J.-C.), les Catacombes furent considérées comme d’authentiques sanctuaires des martyrs et de très nombreux pèlerins vinrent les visiter dans l’unique but de prier auprès de leurs tombes. C’est à cette période, en particulier, qu’appartiennent les pieuses inscriptions (brèves invocations de prière ou souvenir de rites accomplis, gravés sur les murs des cryptes par les pèlerins) et la rédaction de plusieurs itinéraires (véritables guides des Catacombes).